Bộ môn Công trình Giao thông thành phố và Công trình Thủy có sự hợp tác chặt chẽ với các trường Đại học, Viện nghiên cứu, các công ty hàng đầu ở Việt Nam và trên thế giới.
Các đơn vị chính như:
Các trường Đại học & Viện nghiên cứu:
- Trường Đại học Bách Khoa Hà Nội:
- Trường Đại học Xây dựng
- Trường Đại học Thủy Lợi
- Trường Đại học Bách khoa Đà Nẵng
- Trường Đại học Bách khoa Tp. Hồ Chí Minh
- Viện Khoa học Công nghệ Giao thông Vận tải
- Viện Khoa học Công nghệ Xây dựng
- Waseda University
- INSA de Rennes
- Ho Hai university
Các Tổng công ty & Công ty:
- Tổng công ty VEC
- TEDI
- Nippon Steel and Sumikin Metal Corporation, Japan
- SHIMIZU Corporation, Japan
- Kawakin Co,.ltd
- Chodai Co,.ltd
- FECON
- FREYSSINET Group
- Công ty Bentley(Mỹ): hỗ trợ phần mềm Xây dựng.
- Công ty SOFiSTiK(Đức): cung cấp miễn phí cho sinh viên và hỗ trợ phần mềm Xây dựng phục vụ giảng dạy, nghiên cứu khoa học và ứng dụng thực tế.